Notre histoire se passe seulement six mois après la présumé destruction de Xana et l'extinction du super calculateur, les lyoko-guerriers pensant leur combat contre le système multi-agents à présents terminé retournèrent à leurs occupations avec une once de mélancolie. Malheureusement pour eux, XANA lors de l'activation du programme de Jemery avec l'aide de Franz Hopper détacha une partie de son programme pour créer un autre système multi-agent dans une machine créée spécialement pour l'occasion et qui laissa donc la vie à une partie du programme doté de sa propre conscience. Même si toujours dans la course, le nouveau XANA né des restes de l'ancien était incomplet. Ayant accès à la conscience comme son prédécesseur, la seul façon pour lui de récupérer ses programmes perdu pour le rendre complet était de reconstruire XANA et lui reprendre ce qui lui manquait. Ces six mois servirent à la recréation du programme qui avait causé tant de soucis par le passé et aussi la création d'un corps à l'apparence humaine pouvant lui être plus qu'utile. En effet même s'il a survécu à l'attaque du programme de Belpois, il était à présent coincé dans ce corps. Mais le NeoXana avait une autre idée en place, ayant la possibilité de se recréer sans la gène qu'était les lyoko-guerriers, il décida de s'allier à un Xana handicapé d'une bonne partie de ses fonctions.

Une fois que le tout était prêt, les deux programmes lancèrent une attaque combiné sur les terres de Lyoko l'un sous formes de programmes, l'autres en tant que guerrier, car comme coincé dans ce corps, il n'a d'autre choix que de se virtualiser et d'exécuter ses programmes manuellement à partir des tours. Le super calculateur ayant faillit être détruit par Xana, Jeremy avait pris soin de placer une alarme au cas où quelqu'un s'apprêtait à le trouver. Une invention qu'il aurait cru d'une très faible utilité. Les Lyoko-guerriers se rendirent bien vite compte du retour de leurs ennemis, une attaque au lycée les firent se rendre à l'usine pour la première fois depuis plus d'une demi-année et rallumer le super calculateur. La guerre était déclarée, XANA qui ne voulait le monde que pour lui se sépara bien vite du NeoXana pour se reconstruire seul tandis que NeoXana lui continuait là où XANA s'était arrêté après avoir récupéré les données qui lui manquait.